В инкубационный цех предусматривается подача воды свободной от возбудителей заразных болезней рыб или их промежуточных хозяев. Для этого используют артезианскую, ключевую или водопроводную воду, а если такой нет, поступающую воду обеззараживают фильтрацией, ультрафиолетовым облучением и другими методами.
     Если в водоисточнике содержится много взвешенных частиц, вода из них для подачи в пруды в период выращивания рыбы непригодна. Ее можно использовать только для заполнения прудов весной.
     Для обеспечения водообмена в прудах в период выращивания в них рыбы эту воду предварительно очищают в прудах-отстойниках. Поэтому при проектировании предусматривают строительство таких прудов.
     Если вода водоисточника не соответствует существующим нормативам, использовать этот водоисточник можно при условии улучшения качества воды до существующих требований. Для этого в проекте предусматривают строительство соответствующих устройств и сооружений.
     При строительстве рыбопитомников и племрассадников учитывают, что в головных прудах не разрешается товарное выращивание рыбы. То же самое относится и к неспускным головным прудам полносистемных и нагульных хозяйств.
     Если рыбоводные хозяйства расположены вблизи промышленных предприятий или животноводческих комплексов, имеющих пруды-отстойники, в проекте предусматривают систему сооружений, предотвращающих аварийное попадание стоков этих предприятий в рыбоводные пруды в период ливней и хода паводковых вод.
     При проектировании и строительстве прудов всех категории ложе планируют так, чтобы была возможность осушать его и проводить необходимые ветеринарно-санитарные и агротехнические работы (дезинфекции, выращивание пропашных культур и другие мероприятия).