Споровики, некоторые инфузории и личинки сосальщиков могут находиться не на поверхности жаберных лепестков, а в особых соединительнотканных образованиях (бугорках); обнаружить и извлечь их молено только после разрыва стенки бугорка с помощью препаровальной иглы. В кровеносных сосудах жабр могут находиться яйца сангвиникол, споры и мицелии гриба.
     Глаза. Для обнаружения паразитов глаза извлекают из глазных впадин, кладут на предметное стекло и вскрывают острыми ножницами с внутренней стороны. Стекловидное тело, хрусталик и содержимое передней камеры глаза помещают между двумя предметными стеклами и просматривают при малом увеличении микроскопа. Так можно обнаружить личинки сосальщиков и круглых червей.
     Брюшная полость. Брюшную полость вскрывают но методике, описанной в разделе "Бактериологические исследования", с той только разницей, что при паразитологическом исследовании нет необходимости соблюдать условия стерильности. Дугообразный разрез к основанию левого грудного плавника ведут от анального отверстия, вводя непосредственно в него тупой конец одной из бранш ножниц. Вскрытую брюшную полость осматривают, крупных паразитов (лигула, филометра амфилина) извлекают, а имеющиеся на серозных покровах и брыжейке бугорки микроскопируют.
     Сердце вынимают вместе с крупными сосудами, помещают в бактериологическую чашку с физиологическим раствором, вскрывают его полости, промывают образовавшийся осадок и микроскопируют на наличие возбудителя сангвиниколеза и некоторых мета-церкариев.
     Печень. При наружном осмотре печени можно обнаружить на ее поверхности личинок круглых червей и белые бугорки с заключенными в них личинками ленточных червей. Чтобы обнаружить паразитов, обитающих внутри печени, ее делят на небольшие кусочки, компрессируют и исследуют под лупой, а затем при слабом увеличении микроскопа.
     Желчный пузырь вырезают, помещают на предметное стекло, разрезают ножницами, делают соскоб с внутренней оболочки стенки пузыря. Соскоб и сам желчный пузырь помещают между двумя предметными стеклами и исследуют под лупой или микроскопом. В желчном пузыре можно обнаружить простейших сосальщиков и личинок ленточных червей.
     Поджелудочную железу помещают между двумя стеклами, сжимают до прозрачности и микроскопируют.
    Селезенку исследуют так же, как поджелудочную железу.
     Почки. Для обнаружения паразитов почки помещают между стеклами и исследуют под микроскопом. В почках можно найти крупных паразитов, споровиков, яйца сосальщиков, занесенных током крови.
     Плавательный пузырь. Наружную волокнистую оболочку плавательного пузыря снимают. Паразиты, находящиеся в стенке плавательного пузыря и его полостях, обычно хорошо видны. Их извлекают и исследуют. Иногда берут соскоб с внутренней оболочки плавательного пузыря больной рыбы тщательно микроскопируют.
     Мочевой пузырь. Методика исследования сходна с исследованием желчного пузыря. В мочевом пузыре можно обнаружить сосальщиков, споровиков и инфузорий.
     Половые железы. Для обнаружения паразитов железу частями компрессируют между двумя стеклами и просматривают под микроскопом. В половых железах встречаются микроспоридип и крупные плероцеркоиды, окруженные фиброматозными сумками и свободно передвигающиеся между икринками.
     Желудочно-к ишечный тракт. Пищевод, желудок и кишечник извлекают, освобождают от жира, расправляют и вскрывают ножницами, начиная с пищевода. Обнаруженных крупных паразитов (ленточных и круглых червей, сосальщиков) извлекают и помещают в физиологический раствор.