Гистологические исследования проводят в тех случаях, когда необходимо подтвердить патологоанатомические изменения, выявить специфические изменения, имеющие диагностическое значение, или обнаружить в организме больных рыб возбудителя болезни. Их проводят при диагностике бранхиомикоза, цирроидиой дегенерации печени у форели, вертеже лососевых, микобактериозе (туберкулез), для дифференцирования бранхиомикоза при смешанных заболеваниях жабр, в частности бранхиомикоза и непаразитарной жаберной гнили, при заболевании жабр невыясненной этиологии, а также для подтверждения диагноза в сомнительных случаях кокцидиозов, миксоспоридиозов, воспаления плавательного пузыря, краснухи карпов и других болезней.
     Важную роль гистологические исследования могут играть при дифференциальной диагностике инфекционных болезней от токсикозов и незаразных болезней, возникающих алиментарно и вследствие воздействия неблагоприятных факторов внешней среды, в частности при недостатке кислорода.
    Патологический материал для исследования берут от только что погибших рыб или (что лучше) от вынужденно убитых больных рыб. Мелких рыб (мальков, сеголетков) после вскрытия брюшной полости фиксируют целиком, а от крупных берут пораженные органы или небольшие кусочки их (0,5-1 см3). Кусочки вырезают так, чтобы были захвачены пораженные и нормальные ткани. Кишечник, плавательный пузырь, желчный пузырь перед фиксацией осторожно вскрывают, растягивают и закрепляют на картоне или на стекле нитками.
     Фиксируют органы в 10%-ном растворе нейтрального формалина и в жидкости Буэна при комнатной температуре. Иногда применяют специальные фиксаторы (жидкость Карнуа, 96°-ный этиловый спирт и др.). Объем фиксирующей жидкости должен в 10- 20 раз превышать объем взятого материала. Если фиксирующая жидкость после погружения кусочков мутнеет или изменяет цвет, ее немедленно заменяют свежей.
     Длительность хранения патологического материала зависит от вида фиксатора. Так, в формалине материал можно сохранять месяцами, в жидкости Буэна 1-2 дня, а после замены раствора свежим- 10-12 дней и более.
     Гистологическую обработку фиксированного материала проводят общепринятыми методами. В зависимости от целей исследования готовят замороженные, целлоидиновые и парафиновые срезы.
     Окрашивают срезы гематоксилин-эозином. Из специальных красителей наиболее часто применяют судан III - для выявления жировой дистрофии или цирроидиой дегенерации печени, карболовый фуксин Циля - для окраски туберкулезных микобактерий.